โรงเรียนบ้านคลองวาฬ เดิมเปิดทำการสอนอยู่ในวัดคลองวาฬ ต่อมาคณะกรรมการหมู่บ้านและผู้ปกครองนักเรียน ได้พิจารณาเห็นว่าบริเวณใกล้ๆ วัดทางทิศใต้เดิมเคยเป็นวัดมาก่อน ที่ดินว่างเปล่ามีเนื้อที่ ๑๕ ไร่ ต่อมาใน พ.ศ. ๒๔๙๗ คณะกรรมการโรงเรียนได้จัดซื้อเพิ่มเติมอีก ๔ ไร่ ๙๕ ตารางวา รวมเนื้อที่ของโรงเรียนทั้งหมด ๑๙ ไร่ ๙๕ ตารางวา
ในปี พ.ศ. ๒๔๘๐ ได้ย้ายจากโรงเรียนในวัดมาปลูกสร้างในที่ใหม่เป็นอาคารเรียนชั่วคราวมุงด้วยจาก โดยมี นายด่วม ลำพูน เป็นครูใหญ่คนแรกซึ่งได้เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ – ๔
ปีการศึกษา ๒๕๒๗ ทางโรงเรียนได้รับอนุญาตให้เปิดสอนเด็กเล็ก
ปีการศึกษา ๒๕๓๙ ได้เป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษาและเปิดเรียนขยายโอกาสเปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น หมู่บ้านในเขตบริการคือ หมู่ที่ ๑ และหมู่บ้านใกล้เคียงในตำบลคลองวาฬด้วย
ในวันที่ ๗ สิงหาคม พระปริยัติวรากร เจ้าอาวาสวัดคลองวาฬ ได้สร้างอาคารเรียน แบบ ๒ / ๒๘ (๔๑) ๒ ชั้น มี ๑๖ ห้องเรียน ให้จำนวน ๑ หลัง งบประมาณการก่อสร้าง ๕,๗๔๐,๐๐๐ บาท โดยไม่ใช้งบประมาณของทางราชการ